可使用各種氧化劑，如：高錳酸鉀、漂白粉等，甲醛、碘酒進行殺滅病毒。
引起手足口病的腸道病毒，對某些藥物具有抗性，一般來說我們常用的75％酒精，5％來蘇對腸道病毒沒有消滅作用，另外普通消毒劑乙醇、乙醚，甲酚皂液等對手足口病也都通通無效。
另外手足口病卻對紫外線及干燥敏感，可使用各種氧化劑(高錳酸鉀、漂白粉等)、甲醛、碘酒、0.1mol/L鹽酸及0.3%甲醛進行滅活，并且病毒在60℃左右即可被迅速滅活。
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