從遺傳學角度可將先天性心臟病分為單基因遺傳、由染色體畸變引起及多基因遺傳的先天性心臟病。目前公認大多數先天性心臟病是多基因遺傳。先天性心臟病不完全由遺傳因素決定，而環境中的許多致畸原可導致心臟畸形，如風疹病毒感染、藥物、放射、葉酸拮抗劑等。許多可疑因素如殺蟲劑、工業溶劑、吸煙等還有待進一步研究。不是每個胎兒接觸致畸因子都會發生先天性心臟病，而是與胎兒對遺傳易患性、不同個體和種屬對特定致畸原的反應所具有的遺傳差異等有關。
先天性心臟病不屬于遺傳性疾病，但有些家庭有多個子女患不同種的先天性心臟病，或多個堂兄弟姐妹患病。一般來講一級親屬中有一個患先天性心臟病，則其他人患病的機率上升3倍，兩個成員患病則機率上升為9%,如果三個成員患病，則其他成員患先天性心臟病的可能性上升至50%。
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