抗菌治痢疾

黃連素能對抗病原微生物，對多種細菌如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用，其中對痢疾桿菌作用最強，常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病。臨床主要用于治療細菌性痢疾和腸胃炎，副作用比其他藥物小很多。

降血脂

黃連素具有降低膽固醇和甘油三脂的作用，其主要作用機理是黃連素能作用于3'UTR區域穩定低密度脂蛋白受體的mRNA（信使核糖核酸）來降低血脂的，與使用的他汀類降血脂藥物的作用機理完全不同。這在理論上為尋找新型降血脂藥物提供了新的分子靶點。

臨床研究表明，口服黃連素（三個月每日1克）可以使高血脂病人的膽固醇、低密度脂蛋白和甘油三酯下降20%～35%。

治療心血管疾病

黃連素靜脈滴注能抑制心跳的加速，主要機制是黃連素能阻斷心臟的α-受體，通過減少受體來抑制心臟的跳動，這對心律失常的患者來說是一種良藥。

并且臨床研究表明，黃連素不僅能顯著的降低血脂，對高血糖也有一定的抑制作用，能改善血液循環系統，減少血栓等形成。