板藍根含靛藍、靛玉紅、β-谷甾醇、γ-谷甾醇以及多種氨基酸。還含黑芥子甙、靛甙、色胺酮、1-硫氰酸-2-羥基丁-3-烯、表告伊春、腺甙、棕櫚酸、蔗糖和含有12％氨基酸的蛋白多糖。

1、板藍根所含有的吲哚類化合物有抗菌作用;有抗流感病毒、肝炎病毒等作用。

2、板藍根含有的靛玉紅有抗腫瘤作用，并可以破壞白血病細胞有顯著的抗白血病等作用。

3、板藍根多糖能夠顯著促進小鼠免疫功能及增強抗體形成細胞功能。

4、板藍根有一定的抑制血小板聚集作用。

5、此外，板藍根內含有多種抗病毒物質，對感冒病毒、腮腺炎病毒、肝炎病毒及流腦病毒等有較強的抑制和殺滅作用。