口腔潰瘍的的確切病因目前尚不能完全明確，現代醫學認為局部創傷、精神、食物、藥物、激素水平改變及維生素或微量元素缺乏等可能是其發病誘因。另外系統性疾病、遺傳、免疫及微生物與其發病有著密切的關系。但普遍認為其發病是由免疫、遺傳和環境等多中因素的綜合作用結果。其可能的致病因素與以下幾個方面有關：

系統性疾病

患有系統系疾病的讓你去容易發生口腔潰瘍，其只要原因是疾病可通過影響免疫系統而致病。臨床上常見的可以引起口腔潰瘍的疾病有：胃潰瘍，十二指腸潰瘍，慢性或遷延性肝炎，結腸炎，貧血，偏食，消化不良，腹瀉，便秘等。

內分泌變化

口腔潰瘍的發病可能和體內激素的水平有關，部分女性往往在月經經期發生口腔潰瘍，用藥物治療只能暫時緩解，下次月經經期依然容易復發，可能同時還多伴有心煩、口干、情緒不穩定以及便秘等癥狀。可能是由于體內的雌性激素降低和黃體酮水平的增高有關。

精神因素

口腔潰瘍的的發生可能與植物神經功能失調有聯系，部分人群常在精神緊張、情緒波動、精神不佳以及疲勞的情況下復發。

遺傳因素

復發性的口腔潰瘍和遺傳有一定的關系，若父母有一方患有則其子女口腔潰瘍的發病幾率約有50%-60%。

營養缺乏

如果身體缺乏鋅、鐵等微量元素以及葉酸、維生素等，均可增加口腔潰瘍的發生幾率。

病毒

目前還不能完全排除病毒因素與口腔潰瘍的關系，認為病毒感染可能作為一種誘發因素產于了口腔潰瘍的發生過程，引起人體免疫調節的紊亂。